禅院とは、曹渓宗において最高の修行法である看話禅の修行を実践するための宗団の修行機関である。

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僧侶はここでひたすら禅修行のみに集中して専念する。

宗立特別禅院である鳳岩寺の太古禅院をはじめ、合わせて90余りの禅院が開院されている。 禅院では、夏場の3ヶ月（夏安居）と冬場の3ヶ月（冬安居）の間、山門の出入りを禁じ、看話禅の修行に精進するが、これを安居という。安居は韓国仏教と曹渓宗団の最も誇りとする伝統である。毎年約2500人の修行者が年に2回ずつ安居に入る。安居が終ると僧侶たちは万行に立つ。最近は万行期間にも散撤結制といい、禅房を開けている所も多い。

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禅院では午前2時(或は3時)に竹璉の音とともに起床すると、竹篦の音に合わせて三拜或いは108拜をして礼仏を捧げる。

供養(食事)と運力(仕事)を除いた他の時間は、ひたすら禅修行のみに集中することが禅院の日課である。修行時間は各禅院の清規によって異なるが、大抵午後9時或いは11時まで参禅精進する。

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禅院の参禅精進は、その形態によって一日に8∼10時間参禅する一般精進、12∼14時間の加行精進、一日18時間以上の勇猛精進に分けられる。一部の禅院では、1ヶ月間勇猛精進することもある。3ヶ月もしくはそれ以上の期間、横に臥せずに、坐禅に入る長坐不臥があり、また、だけの部屋に閉じこもり、何ヶ月もしく何年もの間、門外に出ずに勇猛精進する無門関修行も現在まで続けられている。